A legfontosabb különbség a prokarióta és az eukarióta genom között az, hogy a prokarióta genom a citoplazmában van jelen, míg az eukarióta genom a magon belül van.
A genom egy szervezet teljes DNS-gyűjteményére utal. Más szavakkal, a genom egy organizmus genetikai anyaga, amely tartalmazza a teljes genetikai információt. A szervezet nagy részének DNS-ből készült genomja van. Egyes genomok azonban RNS-alapúak. Például bizonyos vírusok RNS genomokkal rendelkeznek. Ha egy szervezet teljes genetikai anyagát vesszük figyelembe, akkor az nem csak a géneket vagy a kódoló szekvenciákat tartalmazza. Ez magában foglalja mind a géneket, mind a nem kódoló DNS-szekvenciákat.
Mivel a genetikai információ a genomban található gének formájában, a gének transzkripción és transzláción mennek keresztül a fehérjék termelése érdekében. Különbség van a prokarióta és az eukarióta genom expressziós folyamatai között. Továbbá mindkét genom tárolása és replikációja a prokarióták és az eukarióták között is eltérő. De a DNS szerkezete ugyanaz marad (Double Helix) mindkét organizmusban. A prokarióta és az eukarióta genom közötti fő különbség az élőlények sejtszerveződésével és a genom lakóhelyével jár.
