A gélszűrés és a gélpermeációs kromatográfia közötti legfontosabb különbség az, hogy a gélszűréses kromatográfia mozgófázisa vizes oldat, míg a gélszűrő kromatográfia mozgófázisa szerves oldószer.
Mind a gélszűrés, mind a gélpermeációs kromatográfia a méretkizárásos kromatográfia kategóriájába tartozik, amelyben a molekulákat méretüktől függően oldatban választhatjuk szét. Vagyis néha elválaszthatjuk a molekulákat a molekulatömegük szerint. Általában ezeket a technikákat alkalmazzuk komplex molekulák - például fehérjék - elválasztására és ipari méretben, a polimer anyagok elválasztására. A gélszűrés és a gélpermeációs kromatográfia közötti fő különbség abban a mobil fázisban van, amelyet az egyes technikákban használunk.
