A legfontosabb különbség az izopentán és a neopentán között az, hogy az izopentán négytagú szénláncot tartalmaz, és egy metilcsoport kapcsolódik ehhez a lánchoz a lánc második szénatomjánál, míg a neopentán egy szénatomot tartalmaz négy metilcsoporttal kapcsolódva.
Az izopentán és a neopentán egymás szerkezeti izomerjei. Ezért mindkét vegyületnek ugyanaz a kémiai képlete; C 5 H 12. Az izopentán és a neopentán kémiai szerkezete közötti különbség miatt azonban eltérő kémiai és fizikai tulajdonságokkal rendelkeznek. Egy másik figyelemre méltó különbség az izopentán és a neopentán között az, hogy az izopentán színtelen folyadékként létezik, míg a neopentán színtelen gáz standard hőmérsékleten és nyomáson.
