A genetikai térkép és a fizikai térkép közötti legfontosabb különbség a genomtérképezés során alkalmazott technikákban rejlik. Genetikai térkép előállításakor genetikai markerekkel és genetikai lokuszokkal vizsgálják a génkötési mintázatokat, míg a fizikai leképezés során molekuláris biológiai technikákat alkalmaznak, mint például a Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) és a hibridizációs technikákat.
A genetikai térképek és a fizikai térképek kétféle térképet készítenek, amelyek a kromoszómákban elhelyezkedő gének megjelenítésére szolgálnak. Bevonják a genetikai diagnosztikába és a genomelemzés evolúciójának előrejelzésébe. Ezenkívül felhasználják a génlokuszok közötti távolságok elemzését és a génpolimorfizmusok elemzését.
