A genetikai távolság és a fizikai távolság közötti legfontosabb különbség az a fajta szekvencia, amelyet ugyanazon faj két populációja közötti távolság elemzésére használnak. A genetikai távolság a fajok vagy a fajon belüli populációk közötti genetikai divergenciát méri, míg a fizikai távolság a két marker közötti nukleotidok számát.
A genetikai távolság és a fizikai távolság betekintést nyújt a faj két populációja közötti evolúciós kapcsolatokba. Ezért a távolságtérképek összekapcsolják a populációkat genetikai adatok alapján. A genomszekvenálás és a bioinformatikai elemzés fontos szerepet játszik mind a genetikai, mind a fizikai távolság meghatározásában.
