A legfontosabb különbség a genetikai összekapcsolódás és a kötési egyensúlyhiány között az, hogy a genetikai összekapcsolódás két vagy több azonos kromoszóma gén hajlama arra, hogy együtt maradjanak az öröklődés folyamatában, míg a kötési egyensúlyhiány az allélok nem véletlenszerű asszociációja egy populációban.
A genetikai összekapcsolás és a kötés egyensúlyhiánya a genetika két fogalma, amelyek a nem mendeli öröklődést követik. A genetikai összekapcsolás a kromoszómában való kapcsolódás fizikai állapotára utal. Egyszerű szavakkal, ez az a folyamat, amelyben a gének szorosan elhelyezkednek egy kromoszómában, így mindig együtt ivarsejtekké öröklődnek. Másrészt a populációgenetikában a kötési egyensúlyhiány az allélok nem véletlenszerű asszociációjára utal a populáció különböző helyein. A két lokuszban egy adott allél-kombináció megfigyelt gyakorisága és a véletlenszerű asszociációra várható gyakoriság közötti különbség mértéke.
