A fő különbség a Golgi Testek és a Mitokondrium között az általuk végzett funkcióban van. A Golgi testek (vagy a Golgi készülék) fő funkciója a fehérjék módosítása, válogatása és csomagolása a szekréció érdekében, míg a mitokondriumok fő feladata a sejt energiavalutájának (ATP) előállítása légzéssel.
Az eukarióta sejtek tartalmaznak sejtes organellumokat, például Golgi-testeket, mitokondriumokat, lizoszómákat, riboszómákat, sejtmagokat, stb. A golgi testek az endomembrán rendszer részét képezik, amely vezikulákból és összehajtott membránokból áll, míg a Mitochondria kettős membránhoz kötött bab alakú organellum, amely az eukarióta sejtekben található.