Az R és S konfiguráció közötti legfontosabb különbség az, hogy az R konfiguráció az R izomer térbeli elrendezése, amelynek relatív prioritási sorrendje az óramutató járásával megegyező irányba mutat, míg az S konfiguráció az S izomer térbeli elrendezése, amelynek relatív prioritási iránya van az óramutató járásával ellentétes irányban. Itt a prioritási sorrend relatív iránya a szubsztituensek prioritásainak csökkenő sorrendje.
Az R és S izomerek olyan királis centrumú szerves molekulák, amelyek egy szénatom, amelyhez négy különböző szubsztituens kapcsolódik. Ezek a szubsztituensek prioritásuk szerint kerülnek felsorolásra (a prioritást az alábbiakban leírt CIP-szabályok alapján határozzák meg).
