A legfontosabb különbség az acetil-CoA és az acil-CoA között az, hogy az acetil-CoA (vagy az acetil-koenzim A) segíti a fehérje-, szénhidrát- és lipid-anyagcserét, míg az acil-CoA (vagy az acil-koenzim A) a zsírsavak metabolizmusában.
Az acetil-CoA nagyon hasznos az acetilcsoport eljuttatásában a Krebs-ciklusba energiatermelés céljából. Acetil-csoport jelentése egy funkciós csoport, amelynek kémiai képlete -C (O) CH 3. Az acilcsoport egy funkcionális csoport, amelynek kémiai képlete –C (O) R, ahol az R csoport egy zsírsav melléklánc. Hasznos az energia termelésében acetil CoA-vá történő átalakítás révén.