A legfontosabb különbség a GMO és a transzgén organizmus között az, hogy a GMO egy olyan szervezet, amelynek mesterségesen megváltozott genomja van, míg a transzgén szervezet egy olyan GMO, amelynek megváltozott genomja tartalmaz egy DNS-szekvenciát vagy egy másik faj génjét.
A genetikailag módosított szervezet (GMO) és a transzgén szervezet két kifejezés, amelyeket felcserélhetünk. Mindkét típusú organizmus megváltozott genommal rendelkezik, amelyet mesterségesen módosítottak. Van azonban egy kis különbség a GMO és a transzgén organizmus között. Noha mindkét genom megváltozott, a transzgén organizmus egy GMO, amely egy másik faj DNS-szekvenciáját vagy génjét tartalmazza. Így minden transzgén szervezet GMO, de nem minden GMO transzgén.