A legfontosabb különbség a gametofita és a sporofita ön-inkompatibilitás között az, hogy a gametophytikus ön-inkompatibilitási rendszerben a pollen fenotípust gametofita haploid genotípusa határozza meg, míg a sporofita öninkompatibilitás esetén a pollen fenotípust a növény diploid genotípusa határozza meg.
Az öninkompatibilitás a növények beporzásának ellenőrzési mechanizmusa. Elsõsorban megakadályozza az önporzást és végrehajtja a keresztporzást, ami evolúciós szempontból elõnyös. Az öninkompatibilitás a pollen és a stílusszövet közötti negatív kémiai kölcsönhatások eredményeként következik be ugyanazon allélon belül. Noha a pollenek és a bibék életképesek és termékenyek, ezekben a növényekben a virágpor nem csírázik. Ha a pollen csírázása nem történik meg, a pollentömlő nem képződhet. Ezután a pollenek nem juttatják a hím ivarsejteket a női ivarsejtekbe megtermékenyítés céljából. Ennek eredményeként nem tudnak magokat termelni.
Két fő ön-inkompatibilitási rendszer létezik, mint a gametofita ön-inkompatibilitás és a sporophytikus ön-inkompatibilitás. Ezek egyetlen lokusz önkompatibilitási rendszerek, amelyek egyetlen többallélikus lokuszon (S) alapulnak. Ez a lokusz egy S gént expresszáló bibéből és egy S gént expresszáló pollenből áll.
