A kezdő kodon és a stop kodon között az a fő különbség, hogy a start kodon a trinukleotid szekvencia, amely a fehérjévé átalakuló szekvencia kezdetét jelöli, míg a stop kodon a trinukleotid szekvencia, amely a fehérjévé átalakuló szekvencia végét jelöli.
A gén genetikai kódja tartalmazza a specifikus fehérje előállításához szükséges utasítást. Trinukleotid szekvenciákat tartalmaz, amelyek kodonként ismertek. Minden kodon meghatároz egy aminosavat. Az aminosavak a fehérje építőkövei. Az egyes gének genetikai kódja egy start kodonnal kezdődik és egy stop kodonnal végződik. Ezért a start kodon jelöli azt a helyet, ahol a fehérjévé történő transzláció megkezdődik. A stop kodon viszont azt a helyet jelöli, ahol a fehérjévé történő transzláció véget ér. Ezért ezt a két kodont két írásjelként azonosíthatjuk a genetikai kódban. Mindkettő specifikus trinukleotidszekvencia.
