A legfontosabb különbség a hnRNS és az mRNS között az, hogy a hnRNS a feldolgozatlan korai mRNS transzkriptum, amely intronokat tartalmaz, míg az mRNS az a feldolgozott RNS, amely nem tartalmaz intronokat.
Különböző típusú RNS létezik, és a hnRNS és az mRNS kétféle. A heterogén nukleáris RNS, más néven pre-mRNS, egy olyan primer transzkriptum, amely a mag belsejében termelődik. Miután az pre-mRNS elkészült, utólag transzkripcionálisan feldolgozzuk funkcionális mRNS-vé, amely a citoplazmában lévő fehérjévé transzlálható. Ezért a hnRNS szintetizálódik egy DNS templátból, és ez egy újonnan képződött RNS a feldolgozás előtt. Az mRNS az az RNS-szekvencia, amely a genetikai információt fehérje előállításához hordozza. A feldolgozás után az RNS egyik formája. Ezenkívül az mRNS genetikai kodonokat visz a sejtmagban lévő DNS-től a riboszómákig a fehérjeszintézis érdekében.
