A legfontosabb különbség az AMPA és az NMDA receptorok között az, hogy az AMPA receptor specifikus agonistája az alfa-amino - 3 - hidroxil - 5 - metil - 4 - izoxazol propionsav (AMPA), míg az NMDA receptor specifikus agonistája az N - metil - D - aszpartát (NMDA).
A glutamát receptoroknak három fő típusa van. Különbségük azon az agonistán alapul, amely kötődik a glutamát-kötő receptor aktiválásához. A glutamát-kötés megnyitja az ionos kapuk csatornáit a nátrium- és kálium-ionok szállításához. Az NMDA receptorok szintén megkönnyítik a kalciumionok áramlását a membránon.