A legfontosabb különbség a BCAA és az aminosavak között az, hogy a BCAA elágazó láncú aminosav, amelynek alifás oldalláncai vannak egy elágazással, míg az aminosavak szerves vegyületek, amelyek aminocsoportokat, karbonsavcsoportokat és specifikus oldalláncokat tartalmaznak.
Az aminosavak a fehérjék építőkövei. Az aminosav mellékcsoportja (R) meghatározza az aminosav tulajdonságait. Ezért ez az oldallánc specifikus az aminosavakra. Más szavakkal, a különböző aminosavak különböző mellékcsoportokkal rendelkeznek. A BCAA-k azonban további különlegességgel rendelkeznek; három vagy több szénatomhoz kötött központi szénatom.
