A legfontosabb különbség a glükogén és a ketogén aminosavak között az, hogy a glükogén aminosavak katabolizmusuk során piruvátot vagy bármely más glükóz-prekurzort termelnek, míg a ketogén aminosavak katabolizmusuk során acetil-CoA-t és acetoacetil-CoA-t termelnek.
Az aminosavak azok az alapvető molekulák, amelyek a fehérjék és a polipeptidek kémiai szerkezetét alkotják. Noha az aminosavak különböző osztályozással rendelkeznek, a katabolizmusuk során képződő köztitermékektől függően glükogén és ketogén aminosavakként osztályozhatjuk őket. Mint fent említettük, az aminosavak katabolizmusának végterméke kétféle köztiterméket ad; vagy piruvát (vagy más glükóz-prekurzorok), vagy acetil-CoA és acetoacetil-CoA.
