A legnagyobb különbség a maximális parsimony és a maximális valószínűség között a filogenetikai fa kifejlesztésénél alkalmazott módszertől függ. A maximális parszimónia a filogenetikai faépítés során az összes karakterállapot minimalizálására összpontosít, míg a filogenetikai fa rajzolásakor a maximális valószínűség statisztikai megközelítés, a genetikai adatok valószínűségétől függően.
A filogenitás az élőlények osztályozásának és nómenklatúrájának újszerű megközelítése. A filogenitás genetikai adatokra és evolúciós kapcsolatokra támaszkodik. A genetikai adatok a DNS-szekvenálás eredménye. A filogenikában az élőlények osztályozása a közös ős alapján történik. A maximális parsimony és a filogenetikai kapcsolat maximális valószínűsége növeli a filogenetikai fa pontosságát és megbízhatóságát.
