A legfontosabb különbség a helikáz és a topoizomeráz között az, hogy a helikáz egy olyan enzim, amely két komplementer DNS-szálat választ el a két szál bázisa közötti hidrogénkötések megszakításával, míg a topoizomeráz egy olyan enzim, amely a DNS letekercselési folyamata során keletkező pozitív és negatív szupertekercseket metszéssel távolítja el. és visszazárjuk a DNS duplex egyik vagy mindkét szálát.
A DNS kettős spirál. Két komplementer szálban létezik, amelyek hidrogénkötéseken keresztül kapcsolódnak egymáshoz. A DNS-replikációhoz, transzkripcióhoz és a DNS-helyrehozáshoz két szálat kell elválasztani egymástól, hogy új másolatokat készítsenek, mRNS-t készítsenek és nukleotidokat adnak a javításhoz. A két helikáz és topoizomeráz enzim ezen a ponton játszik szerepet. Ezért mind a helikáz, mind a topoizomerázok elengedhetetlenek a DNS kikapcsolásában. A helikáz a kettős szálú DNS-t egyetlen szálra választja szét azáltal, hogy megszakítja a kettős szálú DNS nukleotid bázispárai közötti hidrogénkötéseket. Ezzel szemben a topoizomeráz feloldja a DNS-fordulatot és enyhíti a DNS-szupertekercs természetét azáltal, hogy a DNS-foszfát gerincét egy vagy mindkét szálon elvágja.
