A prokarióta és az eukarióta topoizomeráz közötti legfontosabb különbség a topoizomeráz sejtbeli eredete. A prokarióta topoizomerázok a prokarióta sejtes eredetű sejtekben vannak jelen, míg az eukarióta topoizomerázok az eukarióta sejt eredetű szervezetek között vannak. Továbbá különböznek az eloszlásban is. A prokarióta topoizomerázok a sejt citoplazmájában vannak jelen, míg az eukarióta topoizomerázok eloszlanak a sejtmagban.
Az izomeráz egy olyan enzimcsoport, amely katalizálja a molekulák szerkezeti átrendeződését. A topoizomeráz az izomerázok egyik típusa. Módosítja a DNS-molekula topológiáját a DNS szupertekercselésének szabályozásával. Vágja és visszazárja a DNS duplex egyik vagy mindkét szálát. Ezért a DNS képes replikáción, transzkripción, javításon és kromoszóma szegregáción átesni. A topoizomerázoknak két típusa van, nevezetesen a topoizomeráz I és II.
