A legfontosabb különbség a vér-agy gát és a vér CSF-gát között az, hogy a vér-agy gát az a gát, amely elválasztja a vérszövetet és az agyszövetet, míg a vér-CSF gát funkcionális gát, amely elválasztja a vérszövetet és a cerebrospinális folyadékot.
A vér-agy gát és a vér CSF-gátja két védő gát az agyban. Fontosak továbbá a molekulák agyon és a perifériás vérszöveteken történő szállításában. Ezenkívül mindkét gát szoros kapcsolódási pontokkal rendelkezik, ami megkönnyíti a nem toxikus vegyületek átjutását az agyba.
