A legfontosabb különbség a mesterséges embrió ikerintézmény és a szomatikus sejtmag transzfer között az, hogy a mesterséges embrió ikerintézkedés az a technika, amelyben a megtermékenyített petesejtet két genetikailag azonos embrióra osztják fel in vitro körülmények között, míg a szomatikus sejtek nukleáris transzferje az a módszer, amelyben egy szomatikus sejtmag egy sejtmaggal rendelkező petesejtbe in vitro körülmények között megy végbe.
A molekuláris klónozás fontos technika a jobb karakterű rekombináns organizmusok előállításában. A mesterséges embrió ikerintézmény és a szomatikus sejtek magtranszferje két ilyen technika, amelyet in vitro körülmények között használnak klónok létrehozására reproduktív és terápiás célokra. Klónozási módszerük szempontjából azonban különbség van a mesterséges embrió ikerintézmény és a szomatikus sejtmag transzfer között.
