A QTL és a GWAS közötti fő különbség az elemzés során használt szekvenciák típusától függ. A QTL összekapcsoló gén lokuszokat használ a poligénes öröklődéshez kapcsolódó fenotípusos tulajdonságok elemzésére, míg a GWAS teljes genom szekvenciákat használ egy adott állapot egyetlen nukleotid polimorfizmusának elemzésére.
A QTL térképek és a GWAS fontos szerepet játszanak a különböző tulajdonságok genetikai elemzésében. Továbbá fontosak a különféle ismeretlen etiológiájú betegségek elemzésében. Ezenkívül a szekvenálás kulcsfontosságú szerepet játszik mindkét technikában. Ezek a technikák további nagy átbocsátási technikákkal is kombinálhatók a nagyobb pontosság és pontosság érdekében.
