A legfontosabb különbség a jelölt gén és a GWAS között az, hogy a jelölt gén megközelítés a genetikai variációt kis számú előre meghatározott génen belül vizsgálja, míg a GWAS a teljes genomot vizsgálja egy adott genetikai variáció mögött egy adott betegség állapota mögött.
A jelölt gén megközelítés és a genom egészére kiterjedő asszociációs vizsgálatok (GWAS) két olyan módszer, amelyek fontosak a betegségekre való genetikai hajlam felismerésében. A jelölt gén megközelítés előre meghatározott kis számú génen, míg a GWAS a teljes genom tesztelésén alapul. Ennélfogva a jelölt gén megközelítés a betegség szempontjából releváns gének előzetes ismeretét igényli, ellentétben a GWAS-szal.
