A legfontosabb különbség az ektomikorrhizák és az endomikorrhizák között az, hogy a gombás hifák nem hatolnak be az ektomikorrhizák növényi gyökereinek kérgi sejtjeibe, míg a gombás hifák az endomikorrhizák növényi gyökereinek kérgi sejtjeibe.
A mycorrhizae fontos szimbiotikus kapcsolat, amely a magasabb rendű növények gombái és gyökerei között fordul elő. A gombák és a növények is részesülnek előnyökben e társulásból. A gombás hifák behatolnak a talajba, és tápanyagokat juttatnak el a növényekbe, miközben a növények a gombák számára is előnyökkel járnak. Ezért ökológiailag fontos kapcsolat. A legfontosabb, hogy a gombás hifák több méteresre növekedhetnek, és vizet és tápanyagokat, különösen nitrogént, foszfort, káliumot szállíthatnak a gyökerekbe. Sőt, a mikorrhiza társulás megvédi a növényt a gyökér kórokozóitól. Ennélfogva a tápanyaghiány tünetei ritkábban fordulnak elő olyan növényekben, amelyek ezekben a szimbiotikus asszociációkban vannak. Kétféle mikorrhiza létezik, mint ektomikorrhiza és endomikorrhiza.
