A legfontosabb különbség a mesenchymális és a hematopoietikus őssejtek között az, hogy a mesenchymal őssejtek neuronokká, csont-, porc-, izom- és zsírszövetsejtekké differenciálódhatnak, míg a hematopoietikus őssejtek testünk minden típusú vérsejtjévé.
Az őssejtek differenciálatlan vagy nem specializálódott sejtek vannak jelen a testünkben. Képesek azonos típusú őssejteket osztani és adni, vagy speciális sejtekké differenciálódni a meghatározott funkciójú szövetekben. Az őssejtek ezen figyelemre méltó képességeinek köszönhetően a sérült szövetek helyreállításában és regenerálásában használják őket. A mezenhimális őssejtek és a hematopoietikus őssejtek az őssejtek két típusa, amelyek rendkívül fontosak. A mezenhimális őssejtek (nem vérképző őssejtek) multipotens őssejtek, amelyek csont-, porc- és zsírsejteket képesek létrehozni. Másrészt a vérképző őssejtek minden típusú vérsejtet képezhetnek a szervezetben. Sőt, ezek az őssejtek mindkét típusa jelen van a csontvelőben.
