A legfontosabb különbség az embrionális és a szomatikus őssejtek között az, hogy az embrionális őssejtek pluripotens differenciálatlan sejtek, amelyek embrionális eredetűek, míg a szomatikus őssejtek multipotens differenciálatlan sejtek, amelyek szöveti és szervi eredetűek.
Az őssejtek differenciálatlan sejtek, amelyek képesek valódi szövetekké vagy szervekké növekedni. Általában két fő őssejt-típus létezik, mint az embrionális őssejtek és a felnőtt őssejtek (szomatikus őssejtek). Differenciálás esetén az embrionális őssejtek bármilyen típusú sejtekké differenciálódhatnak. Ezzel szemben a szomatikus őssejtek csak több szövetspecifikus sejtre képesek differenciálódni. Ezért az embrionális őssejtek pluripotensek, míg a szomatikus őssejtek multipotensek. Egyszerű szavakkal, az embrionális őssejtekben magas a differenciálódás képessége, mint a szomatikus őssejtekben.
