A legfontosabb különbség a pluripotens és a multipotens őssejtek között az, hogy a pluripotens sejtek képesek megkülönböztetni a három csíraréteg bármelyik sejttípusát, míg a multipotens őssejtek képesek specifikus sejttípusok korlátozott tartományába fejlődni.
Bizonyos sejtek képesek differenciálódni más típusú speciális sejtekké. Ezt a képességet sejtpotenciának nevezzük. Ha egy sejt képes több sejttípusra differenciálódni, akkor az adott sejt nagy hatékonysággal rendelkezik. Hasonlóképpen, az őssejtek nagy sejterővel rendelkeznek. Ezek a többsejtű organizmusok differenciálatlan sejtjei, amelyek gyorsan oszthatók és más sejttípusokra differenciálódhatnak. Ennek megfelelően az őssejteknek két fő típusa van. Ugyanis embrionális őssejtek és felnőtt őssejtek. A sejttípusokba történő differenciálódás képessége alapján egyes őssejtek totipotensek, míg mások pluripotensek és multipotensek. A pluripotens őssejtek bármilyen típusú sejtekké válhatnak a három csírarétegben, míg a multipotens őssejtek specifikus sejttípusokká differenciálódhatnak. Ennek megfelelően az embrionális őssejtek pluripotens sejtek. Másrészt a vér őssejtjei multipotens őssejtek.
