A legfontosabb különbség a köldökzsinórvér és a csontvelő őssejtjei között az, hogy a köldökzsinórvér őssejtek azok a vérképző sejtek, amelyek az újszülött köldökzsinórjában vannak a szülés után, míg a csontvelő őssejtjei a csontvelőben található őssejtek az egyének szövete.
Az őssejt-transzplantáció egy általános terápiás eljárás, amikor a beteg egy adag vérképző (ős) sejtet kap, hogy saját elpusztított sejtjeit betegségekkel vagy más terápiás eljárásokkal pótolja. A köldökvér őssejtjeinek és a csontvelő őssejtjeinek is terápiás célja van (transzplantáció). Ezért ezeknek az őssejteknek az általános célja az egészségtelen sejtek helyettesítése egészségesekkel. Klinikailag az egészséges sejtek leggyakoribb forrásai a köldökzsinór sejtek és a csontvelő sejtek.
