A legfontosabb különbség az allél és a lokusz között az, hogy az allél egy gén két vagy több alternatív szekvenciájának egyikére utal egy adott lokuszban, míg a lokusz egy kromoszómán egy bizonyos helyre utal, ahol egy gén megtalálható.
Gének formájában a genetikai információ öröklődik a szülőktől az utódokig. A gének a kromoszómákban elhelyezkedő specifikus nukleotidszekvenciák. Számos gén található meg egy szervezet genomjában. Elrendezésük a genomban pontos, és a gén elhelyezkedése genetikai marker segítségével könnyen megtalálható. Ezenkívül egy adott génnek különböző változatai lehetnek, amelyeket alléloknak nevezünk. Egy gén specifikus helye a kromoszómában szintén nagyon fontos, és nevezzük lókusznak.
