A legfontosabb különbség a heterotrófok és a saprotrofák emésztése között az, hogy a heterotrófok emésztése intracelluláris, míg a saprotrofák emésztése extracelluláris.
Az emésztés az organizmusok túlélésének fontos folyamata. E folyamat révén a tápanyagok elérhetővé válnak az organizmusok általi felszívódáshoz. A heterotróf emésztés az organizmusokban az intracelluláris emésztés folyamata, amely a biotápláléktól függ. A szaprotróf emésztés az extracelluláris emésztés folyamata, ahol az organizmusok az elhalt szerves anyagtól függenek. A heterotrófok és a saprotrofák emésztése egyaránt fontos a bioszféra túlélése szempontjából. A heterotrófok a növényekből és más állati eredetű szerves anyagoktól függenek. Másrészt a saprotrofák táplálkozásuk szempontjából közvetlenül függenek az elhalt szerves anyagtól. Ezért ezeknek az emésztési mintáknak a megtanulása segít a szervezetek táplálkozási viszonyainak tanulmányozásában.
