A legfontosabb különbség a gyomor és a vékonybél fehérje emésztése között az, hogy a gyomor fehérje emésztését pepszin és sósav, míg a vékonybélben a fehérje emésztést a hasnyálmirigy által kiválasztott tripszin és kimotripszin végzi.
Az általunk fogyasztott ételeket az emésztőrendszer kémiai és mechanikus emésztésnek vetik alá. Az étel megemésztését követően a tápanyagok a vékonybélen keresztül felszívódnak a véráramunkba. A fehérje emésztése két szakaszban zajlik: a gyomorban és a vékonybél (duodenum) első részében proteázokkal. A gyomorban a pepszin a fehérjéket aminosavakra és oligopeptidekre bontja. Az oligopeptidek további emésztése aminosavakká, dipeptidekké és tripeptidekké a vékonybélben történik hasnyálmirigy-enzimekkel.
