A fő különbség a pepszin és a proteáz között az, hogy a pepszin egyfajta proteáz, míg a proteáz egy enzim, amely aminosavakká hasítja a fehérjét.
A fehérjék fontos makromolekulák, amelyek különböző aminosavakból készülnek. Az aminosavak a fehérjék építőkövei, amidkötések révén fehérjévé polimerizálódnak. Egyes enzimek a fehérjéket aminosavakká bonthatják, és proteázként ismertek. Különböző típusú proteázok léteznek, amelyek a hidrolízis mechanizmusától függenek. Közülük a pepszin, amely a gyomor proteáza, ilyen típusú.
