A legfontosabb különbség a hím és a női koponya között az, hogy a hím koponya vastagabb csontok miatt nehezebb, míg a női koponya vékonyabb csontok miatt könnyebb.
Az emberi koponya a csontrendszer fontos része, amely alapvetően biztosítja az arcizmok rögzítésének helyét, és agyi üreget képez az agy számára. A koponya két részből áll, amelyek embriológiai különbségei eltérőek; (1) neurokranium, amely az agyat körülvevő védőboltozat, és (2) viscerokránium, amely arccsontokból áll. Egy emberi koponya 22 csontból áll. Az állcsont kivételével mindezek a csontok össze vannak kötve. Így az alsó állcsont az egyetlen csont az emberi koponyában, amely szabadon mozgatható.
Az emberi koponya számos orrmelléküreget is tartalmaz, azaz levegővel töltött üregeket, amelyeket légúti hám bélel. Ezen orrmelléküregek pontos funkciója továbbra is vitatható. Fontosak lehetnek azonban a koponya súlyának csökkentése, a hangrezonancia biztosítása, valamint a meleg és nedvesség által sugárzott levegő. A varratok jelenléte a koponya másik egyedülálló jellemzője. A varratok olyan típusú rostos ízületek, amelyek csak a koponyában fordulnak elő. Az emberi koponyán 17 varrat található. Mind a hím, mind a női koponyának 22 csontja van, de e két koponya között van néhány megkülönböztethető tulajdonság.
