A legfontosabb különbség a D és L glükóz között az, hogy a D-glükózban három hidroxilcsoport és egy hidrogéncsoport a jobb oldalon, míg az L-glükózban a három hidroxilcsoport és egy hidrogéncsoport a bal oldalon található.
A D-glükóz és az L-glükóz nevében szereplő „D” és „L” betű jelzést használják a glükózmolekula szerkezeti különbségeinek megkülönböztetésére. Ezt a két formát nevezzük enantiomereknek, mert molekuláris struktúrájuk egymás tükörképe. Ezért a D és L glükóz közötti legfontosabb különbség a szerkezetükben rejlik. Az alakjaikban mutatkozó különbségeket a Fisher vetítési modell segítségével magyarázhatjuk meg; ez a szerves molekulák rajzolásának egyik módja.
