A cianobaktériumok és a fehérjebaktériumok közötti fő különbség nem vezethető le konkrétan. A kék-zöld algákként ismert cianobaktériumok azonban teljesen fotoszintetikusak, míg a proteobaktériumok sokféle gram-negatív organizmusból állnak, amelyek közül egyesek fotoszintetikusak.
Annak ellenére, hogy a cianobaktériumoknak és a proteobaktériumoknak számos közös tulajdonságuk van, fotoszintetizáló képességük alapján különbözhetnek egymástól. Mindkettő azonban iparilag fontos szervezet, valamint betegségeket okozó szervezet.
