A legfontosabb különbség a cianobaktériumok és az algák között az, hogy a cianobaktériumok a prokarióta baktériumok csoportja, míg az algák kicsi eukarióta növényszerű organizmusok.
A fotoszintézis rendkívül fontos folyamat, amely a napfény energiáját szénhidrátok kémiai energiájává alakítja. Ennélfogva ez az a folyamat, amely lehetővé teszi bizonyos szervezetek számára, hogy saját ételeiket elkészítsék, és ezeket az organizmusokat fotoautotrófoknak nevezik. Hasonlóképpen, a zöld növények, az algák és a cianobaktériumok háromféle fotoautotróf. E három típus közül a cianobaktériumok a prokarióták, amelyek baktériumok. Másrészt a zöld növények és az algák eukarióta szervezetek. A cianobaktériumokat és az algákat figyelembe véve mikroszkopikus szervezetek, ellentétben a zöld növényekkel. A cianobaktériumok és az algák azonban főleg a sejtszervezetben különböznek egymástól. A cikk célja a cianobaktériumok és az algák közötti különbség magyarázata.
