Kulcskülönbség - Tompa vs ragadós végösszekötés
A restrikciós endonukleázok olyan specifikus enzimek, amelyek kettősszálú DNS-t (dsDNS) vágnak le. A molekuláris biológia molekuláris ollóként is ismert. A restrikciós enzimek képesek felismerni a felismerési helyként ismert dsDNS specifikus rövid szekvenciáit, és hasítják a foszfodiészter- és hidrogénkötéseket kettős szálak megnyitásához. Ezeknek az enzimeknek a hasítása eredményeként a DNS-fragmensek különböző típusú végekkel, például ragadós és tompa végekkel készülnek. A DNS-ligáz egy olyan enzim, amelyet a molekuláris biológia során két szomszédos DNS-szál új kötések létrehozásával történő összekapcsolására használnak. A lépést ligálásnak nevezzük, és a ligált DNS-típus típusa szerint tompa végi ligálásnak és ragadós végi ligálásnak nevezhetjük őket. A tompa és a ragadós végű ligálás közötti legfontosabb különbség az, hogy a tompa végű ligálás két tompa véget tartalmazó DNS-fragmensek között következik be, míg a ragadós végi ligálás az 5 'és 3' túlnyúlások között történik. A tompa végű ligáláshoz képest a ragadós végi ligálás hatékonyabb és stabilabb.
TARTALOM
1. Áttekintés és kulcsfontosságú különbségek
2. Mi a tompa végű összekapcsolás
3. Mi az a ragacsos végű összekapcsolás
4. Egymás melletti összehasonlítás - Blunt vs Ragadós végű Ligation
5. Összegzés
Mi az a tompa végződés?
Egyes restrikciós endonukleázok képesek elvágni a DNS-t az ellentétes bázisokon, és tompa végű DNS-fragmenseket hozhatnak létre. Ezeket az enzimeket tompa végvágóként ismerjük; egyenesen lefelé hasadnak a restrikciós hely közepéig anélkül, hogy egyszálú, túlnyúló alapokat hagynának. A tompa végeket nem túlnyúló végeknek is nevezik, mivel a végükön nincs 3 'és 5' túlnyúló alap. Mindkét szál tompa végű alappároktól végződik. A tompa végű vágó enzimek az EcoRV HaeIII, AluI és SmaI.
A tompa vég ligálása két tompa vég között történik. Ez nem a kiálló alapok ligálása. Ez a ligálás kevésbé hatékony, mint a ragadós végi ligálás. Bizonyos esetekben azonban a tompa végű ligálás előnyösebb, mint a ragadós végi ligálás, különösen a PCR-termékek ligálásakor. A PCR-termékeket mindig tompa végekkel állítják elő. A tompa végű ligáláshoz nincs szükség komplementer végekre a DNS-ben a ligáláshoz.
01. ábra: Tompa végtermelés Eco RV enzimmel
Mi az a ragacsos végződés?
Egyes restrikciós endonukleázok képesek vágni a dsDNS-t, és a végén egy egyszálú DNS túlnyúló darab marad. Ezeket a végeket ragadós vagy túlnyúló végeknek nevezik. Ragadós végi ligálás két olyan DNS-fragmens között történik, amelyek megfelelő túlnyúlásokat tartalmaznak, mivel a ragadós végek párosítatlan bázisokkal rendelkeznek, és a kötések kialakításához komplementer bázisokra van szükség. Ezért a megfelelő ligáló fragmensek előállításához ugyanazt a restrikciós enzimet kell használni mindkét DNS-forráshoz.
A ragadós végű ligálás hatékonyabb és gyakran nagyon kívánatos a klónozási folyamatokban. Számos restrikciós enzim létezik, amelyek ragadós végeket hoznak létre. Ezek EcoRI, BamHI, HindIII stb.
02. ábra: Ragadós végtermelés Eco RI enzimmel
Mi a különbség a tompa és a ragacsos végződés között?
Különböző cikk a táblázat előtt
Blunt vs Sticky End Ligation |
|
| A tompa végű ligálás két tompa végű DNS-fragmens között történik. | Ragadós végi ligálás két illeszkedő, ragacsos végű DNS-fragmens között történik. |
| Enzimek | |
| A tompa végű vágók tompa végeket hoznak létre. | A ragadós végvágók ragadós vagy összetartó végeket eredményeznek. |
| Az egyeztetés végének követelménye | |
| Nem igényel illeszkedő fragmenseket vagy komplementer bázisokat. | Alappárok kialakításához a végeken kiegészítő alapokra van szükség. |
| Hatékonyság | |
| Kevésbé hatékony, mint a ragadós végi ligálás | Hatékonyabb, mint a tompa végű ligálás. |
Összegzés - Blunt vs Sticky End Ligation
A restrikciós endonukleázok képesek hasítani a dsDNS-t és különböző végű DNS-fragmenseket termelni. Felismerik a specifikus szekvenciákat és korlátozzák a DNS-t, ragadós és tompa végeket hozva létre. A ragadós végeknek a töredékek végén párosítatlan alapok vannak. A tompa végek az egyenes hasítás miatt jönnek létre, és a végükön alappárok vannak. A ragadós végű ligáláshoz két kiegészítő, egyszálú DNS-darab szükséges. A tompa vég ligálása bármely két tompa vég fragmens között történik. Ez a különbség a tompa és a ragacsos ligálás között.
