Kulcskülönbség - RAPD vs RFLP
A genetikai markerek a molekuláris biológiában az egyének és fajok közötti genetikai variációk azonosítására szolgálnak. A véletlenszerű amplifikált polimorf DNS (RAPD) és a restrikciós fragmens hossza polimorfizmusa (RFLP) két fontos molekuláris marker, amelyet rutinszerűen használnak a laboratóriumok. Az RAPD-t rövid és tetszőleges oligonukleotid-primerekkel hajtják végre, és a szervezet templát DNS-ében található többszörös helyek véletlenszerű amplifikációján alapul. Az RFLP-t egy specifikus restrikciós endonukleázzal hajtják végre, és az eredményül kapott restrikciós fragmensek és hibridizáció polimorfizmusán alapul. A legfontosabb különbség az RAPL és az RFLP között az, hogy az RAPD egyfajta PCR technika, amelyet előzetes szekvencia ismeretek nélkül hajtanak végre, míg az RFLP nem vesz részt a PCR-ben, és a technika végrehajtásához előzetes szekvencia ismeretekre van szükség.
TARTALOM
1. Áttekintés és a legfontosabb különbség
2. Mi az RAPD
3. Mi az RFLP
4. Egymás melletti összehasonlítás - RAPD vs RFLP
5. Összegzés
Mi az a RAPD?
A RAPD hasznos molekuláris marker a molekuláris biológiában. Ez egy gyors és egyszerű technika. Az RAPD meghatározható olyan módszerként, amely polimorf DNS-szekvenciákat eredményez a cél DNS templát több helyének véletlenszerű amplifikálása eredményeként. Az RAPD rövid oligonukleotid primereket használ, tetszőleges szekvenciákkal a PCR amplifikációhoz. A primereket mesterségesen szintetizálják előzetes szekvenciaismeret nélkül. Ezért könnyű és hasznos technikának tekintik.
A RAPD a következő fő lépésekkel jár.
- Cél DNS kivonása
- A cél DNS több helyének amplifikálása véletlenszerűen kiválasztott primerek alkalmazásával
- Az amplifikált PCR-termékek gélelektroforézise
- Festés etidium-bromiddal és a polimorfizmus azonosítása
A primer hőkezelésének variációja következtében az amplifikáció során különböző hosszúságú fragmensek keletkeznek. Ennélfogva a gélek sávozási mintázata egyedenként és fajonként eltérő. Így az RAPD lehetővé teszi az organizmusok genetikai variációinak kimutatását az azonosításban és a differenciálásban.
A RAPD-t a molekuláris biológia különféle tanulmányaiban alkalmazzák, például a szorosan rokon fajok közötti genetikai különbség azonosításában, géntérképezésben, DNS-ujjlenyomat-készítésben, örökletes betegségek azonosításában stb.
01. ábra: RAPD
Mi az RFLP?
A restrikciós töredékhosszúságú polimorfizmusok (RFLP) egy molekuláris marker, amelyet a molekuláris biológiában használnak a homológ DNS-szekvenciák genetikai variációinak azonosítására. Ez az első genetikai marker, amelyet DNS-ujjlenyomatok készítésére fejlesztettek ki. Valamennyi organizmus egyedi DNS-profilt produkál, ha specifikus restrikciós enzimekkel korlátozzák. Az RFLP fontos eszköz az egyedek egyedi DNS-profiljának előállításában és a genetikai variáció kimutatásában. Ha a DNS-mintákat specifikus restrikciós endonukleázokkal emésztjük, az különböző egyedprofilokat eredményez, amelyek egyediek. Ezért ennek a módszernek a lényege a genetikai variációk kimutatása az organizmusok között a homológ DNS specifikus restrikciós enzimekkel történő korlátozásával, valamint a fragmens hosszának polimorfizmusának elemzése gélelektroforézissel és blotolással. A blotolási minták az egyes szervezetekre egyediek, és a specifikus genotípusokat jellemzik.
Az RFLP a következő lépésekkel jár.
- Megfelelő mennyiségű DNS izolálása mintákból
- A DNS-minták specifikus restrikciós endonukleázokkal történő töredezése rövid szekvenciákra
- A kapott fragmensek különböző hosszúságú elválasztása agarózgél-elektroforézissel.
- A gélprofil átvitelét egy membránba Southern-blottolással végezzük
- A membrán hibridizálása jelölt próbákkal és a fragmens hosszának polimorfizmusának elemzése az egyes profilokban
Az RFLP különféle alkalmazásokkal rendelkezik, például öröklési betegségek diagnosztizálása, genom feltérképezése, bűnügyi azonosítás az igazságügyi vizsgálatokban, apasági tesztek stb.
02. ábra: RFLP genotipizálás
Mi a különbség a RAPD és az RFLP között?
Különböző cikk a táblázat előtt
RAPD vs RFLP |
|
| Az RAPD egy molekuláris marker, amely véletlenszerű primereken és PCR-en alapul. | Az RFLP egy molekuláris marker, amely különböző hosszúságú restrikciós fragmensek előállításán alapul. |
| Kötelező minta | |
| Kis DNS minták elegendőek az RAPD elemzéshez. | Az RFLP elemzéshez nagy mennyiségű kivont DNS-minta szükséges. |
| Idő | |
| A RAPD egy gyors folyamat. | Az RFLP időigényes folyamat. |
| Alapozó használat | |
| Véletlenszerű láncindítókat használnak, és ugyanazokat a láncindítókat különböző fajokhoz alkalmazhatják. | Az RFLP-ben fajspecifikus próbákat használnak hibridizációhoz. |
| Megbízhatóság | |
| A technika megbízhatósága kisebb az RFLP-hez képest. | Az RFLP megbízható technika. |
| Blottolás | |
| A RAPD magában foglalja a déli blottolást. | A Southern blot az RFLP egyik lépése. |
| Az allélvariáció kimutatása | |
| Az allélvariációkat az RAPD nem tudja kimutatni. | Az allélvariációk az RFLP segítségével detektálhatók. |
| Szekvencia-ismeretek szükségessége | |
| A RAPD nem igényel előzetes szekvenciaismeretet. | A szonda tervezéséhez előzetes szekvenciaismeret szükséges. |
| PCR | |
| A PCR részt vesz a RAPD-ben | A PCR nem vesz részt az RFLP-ben. |
| Reprodukálhatóság | |
| A RAPD reprodukálhatósága alacsony | Az RFLP nagy reprodukálhatósággal rendelkezik az RAPD-hez képest. |
Összegzés - RAPD vs RFLP
A RAPD és az RFLP fontos marker a molekuláris biológiában. Mindkét módszer képes kimutatni a szervezetek közötti genetikai variációt. Az RAPD-t véletlenszerű primerek alkalmazásával végezzük. Az RFLP-t specifikus restrikciós enzimek alkalmazásával hajtják végre. Mindkét módszer egyedi DNS-profilokat hoz létre az egyes szervezetek számára. Az RAPD összehasonlításban kevés lépést tartalmaz, mint az RFLP. De kevésbé megbízható és reprodukálható eredményeket hoz, mint az RFLP. Ez a fő különbség az RAPD és az RFLP között.
