Kulcskülönbség - AFLP vs RFLP
A DNS-vizsgálatoknak óriási jelentősége van a filogenetikai kapcsolatok megértésében és meghatározásában, a genetikai betegségek diagnosztizálásában és a szervezet genomjának feltérképezésében. Számos, a DNS-elemzéshez kapcsolódó technikát is alkalmaznak egy adott gén vagy egy DNS-szekvencia azonosítására ismeretlen DNS-készletben. Molekuláris markerekként ismertek. Az amplifikált fragmentumhosszú polimorfizmus (AFLP) és a restrikciós fragmentumhosszúságú polimorfizmus (RFLP) két ilyen molekuláris marker (módszer), amelyet a molekuláris biológia fejlesztett ki az organizmusok közötti genetikai variáció kimutatására. Mindkét módszer egyformán fontos, és vannak előnyei és hátrányai. A legfontosabb különbség az AFLP és az RFLP között az, hogy az AFLP magában foglalja az emésztett DNS szelektív PCR-amplifikációját, míg az RFLP nem tartalmazza a DNS-fragmensek szelektív PCR-amplifikációját.
TARTALOM
1. Áttekintés és kulcsfontosságú különbségek
2. Mi az AFLP
3. Mi az RFLP
4. Egymás melletti összehasonlítás - AFLP vs RFLP
5. Összegzés
Mi az AFLP?
Az AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) a molekuláris biológia egyik fontos eszköze, és széles körben használják a genetikai variáció elemzésében. Az AFLP a fragmentált genomi DNS specifikus PCR-amplifikációján és a polimorfizmus autoradiográfiás detektálásán alapul gélelektroforézissel. Az AFLP széles körben hozzájárul a különféle királyságok, köztük növények, állatok, baktériumok és gombák törzseinek vagy szorosan kapcsolódó fajainak genetikai különbségeinek azonosításához. Az AFLP kis mennyiségű ismeretlen DNS-mintával végezhető. Nem igényel előzetes szekvenciaismeretet és szondák tervezését.
Az AFLP lépései
- DNS izolálása
- A DNS emésztése restrikciós endonukleázokkal
- A korlátozott DNS-fragmensek ligálása adapterekkel
- A fragmensek szelektív amplifikációja specifikus restrikciós helyekkel
- A PCR-termékek elválasztása gélelektroforézissel
- A gélmátrix megjelenítése autoradiográfiával
Az AFLP egy érzékenyebb és reprodukálhatóbb módszer, amely számos taxon, köztük gombák, baktériumok, növények és állatok DNS-profilozásához alkalmazható a DNS-szekvenciák előzetes ismerete nélkül. Segít a populációk egyedei közötti enyhe különbségek azonosításában a rendkívül érzékeny jellege miatt. Az AFLP fontos a genom feltérképezésében, az igazságügyi vizsgálatokban, a szülők tesztelésében, a genotipizálásban stb.
01. ábra: AFLP
Mi az RFLP?
A restrikciós töredékhosszú polimorfizmusok (RFLP) egy olyan technika, amelyet a homológ DNS-szekvenciák genetikai variációinak kimutatására használnak. Ez az első módszer, amelyet DNS-profilok készítésére fejlesztettek ki. A szervezeteknek egyedi DNS-ujjlenyomatuk vagy DNS-profiljuk van. Az RFLP fontos eszköz az intraspecifikus vagy szorosan rokon organizmusok DNS-profiljai közötti variáció elemzésére, mivel a homológ szekvenciák különböző restrikciós helyekkel (helyekkel) rendelkeznek, amelyek csak egy adott organizmusra jellemzőek. Ha a homológ DNS-t specifikus restrikciós endonukleázokkal emésztjük, az különböző egyedprofilokat eredményez, amelyek egyediek. Ezért,A módszer lényege a genetikai variációk kimutatása az organizmusok között a homológ DNS specifikus restrikciós enzimekkel történő korlátozásával, valamint a fragmens hosszúságú polimorfizmusának elemzése gélelektroforézissel és blottolással. A blotolási minták az egyes szervezetekre egyediek, és a specifikus genotípusokat jellemzik.
Az RFLP lépései
- Megfelelő mennyiségű DNS izolálása mintákból
- A DNS-minták specifikus restrikciós endonukleázokkal történő töredezése rövid szekvenciákra
- A kapott fragmensek különböző hosszúságú elválasztása agarózgél-elektroforézissel.
- A gélprofil átvitelét egy membránba Southern-blottolással végezzük
- A membrán hibridizálása jelölt próbákkal és a fragmens hosszának polimorfizmusának elemzése az egyes profilokban
Az RFLP nagyon fontos technika a betegség öröklődésének kimutatásában és a betegség előfordulásának kockázatának megállapításában a családtagok körében. Az RFLP-t gyakran használják a genom feltérképezésében, a bűnözők azonosításában az igazságügyi vizsgálatokban, az apasági tesztekben stb. Az RFLP-nek számos korlátja van. Az RFLP a szekvencia adatok előzetes ismeretét igényli a hibridizációs szondák tervezéséhez. Ehhez az elemzéshez elegendő mennyiségű DNS izolálása is szükséges a mintából, ami a kriminalisztikai vizsgálatok során nehéz.
01. ábra: RRFLP leképezés
Mi a különbség az AFLP és az RFLP között?
Különböző cikk a táblázat előtt
ALFP vs RFLP |
|
| Az AFLP magában foglalja az emésztett DNS szelektív PCR-amplifikációját. | Az RFLP csak akkor foglal magában PCR-t, ha PCR-RFLP. |
| Szekvenciaismeret | |
| A szekvencia előzetes ismerete nem szükséges. | A tervezett RFLP szondákhoz előzetes szekvenciaismeret szükséges. |
| Megbízhatóság | |
| Ez megbízhatóbb. | Ez kevésbé megbízható az AFLP-hez képest. |
| Hatékonyság a polimorfizmus kimutatásában | |
| Ennek nagyobb a hatékonysága a polimorfizmus kimutatásában, mint az RFLP-nek. | Ez kevésbé hatékony az AFLP-hez képest. |
| Költség | |
| Ez egy kicsit drága az RFLP-hez képest. | Ez olcsóbb az AFLP-hez képest. |
| Alkalmazások | |
| AFLP-ket alkalmaztak a genom feltérképezésében, a DNS-ujjlenyomat-készítésben, a genetikai sokféleség vizsgálatában, az apaság tesztelésében és a kriminalisztikai | Az RFLP elemzés fontos eszköz a genom feltérképezésében, a genetikai rendellenességek génjeinek lokalizálásában, a betegség kockázatának meghatározásában és az apaság tesztelésében. |
Összegzés - AFLP vs RFLP
Az AFLP és az RFLP két módszer, amelyet genetikai markerként alkalmaznak a sokféleség és a genetikai kapcsolatok értékelésére a molekuláris biológiában. Az AFLP hatékony és érzékeny módszerként szolgál az organizmusok közötti genetikai polimorfizmus kimutatására, mint az RFLP. Bár mindkét módszer eltérő hatékonysággal rendelkezik a genetikai variációk kimutatásában, mégis használják őket a DNS ujjlenyomatának és a betegség diagnosztizálásához.
