A legfontosabb különbség a hiperkonjugáció és a konjugáció között a kötésképződésük. A visszakötés az elektronok mozgása az atom keringésétől egy atomon egy antigondáló pi pályáig egy ligandumon, míg a hiperkonjugáció a szigma kötések kölcsönhatása a pi hálózattal, a konjugáció pedig a pi pályák átfedése a szigma kötés mentén.
Megbeszélhetjük a megkötés, a hiperkonjugáció és a konjugáció fogalmait a vegyületek különböző kémiai kötődésére való hivatkozással. Mindhárom kifejezés a molekula fő kovalens kötéseitől eltérő elektronpályák átfedését írja le.
