A legfontosabb különbség a molekuláris dokkolás és a pontozás között az, hogy a dokkolás olyan technika, amelyet két molekula közötti kötési affinitás meghatározására használnak, míg a pontozás egy adott póz értékelésének folyamata a kedvező intermolekuláris interakciók számának megszámlálásával.
A molekuláris dokkolás és a pontozás kifejezéseket a molekuláris modellezés területén használják. A molekuláris modellezés olyan technika, amelyet a különböző molekulák lehetséges elrendezésének meghatározására használnak egy adott anyagban. Ez a technika fontos az új stabil vegyületek létrehozásában.
