A legfontosabb különbség a molekulapálya-elmélet és a hibridizációs elmélet között az, hogy a molekulapálya-elmélet a kötés és az anti-kötés pályák kialakulását írja le, míg a hibridizációs elmélet a hibrid pályák kialakulását írja le.
Különböző elméleteket dolgoztak ki a molekulák elektronikus és orbitális struktúrájának meghatározására. A VSEPR-elmélet, a Lewis-elmélet, a vegyértékkötés-elmélet, a hibridizációs elmélet és a molekulapálya-elmélet ilyen fontos elméletek. A legelfogadhatóbb elmélet közöttük a molekuláris pályaelmélet.
