A legfontosabb különbség a V és az F típusú ATPáz között az, hogy a V típusú ATPáz ATP-vezérelt ionszivattyúként működik, míg az F típusú ATPáz ATP-szintázként működik a sejtekben.
Az ATPáz olyan kifejezés, amely olyan enzimekre utal, amelyek képesek hidrolizálni az ATP-t. Általában az ATPázok lebontják az ATP-t, és a reakció során felszabaduló energiát felhasználják a munka elvégzésére, mivel az ATP az az energia pénznem, amely energiát szolgáltat az összes sejtes folyamathoz. Az ATP lebontásához ATPázokra van szükség. Ezért az ATPázok csökkentik az ATP hidrolízis aktivációs energiáját. Az ATPázoknak négy fő típusa van: F-ATPázok, V-ATPázok, A-ATPázok és P-ATPázok. A V típusú ATPázok elsősorban az eukarióta sejtek vakuolusaiban találhatók. Ezzel szemben az F típusú ATPázok megtalálhatók a bakteriális plazmamembránokban, a mitokondriumok belső membránjában és a kloroplasztikákban. Katalizálják az ATP hidrolízisét vagy szintézisét a membránon áteső H + (vagy Na +) transzporttal kapcsolva.
