A legfontosabb különbség az allogámia és az autogámia között az, hogy az allogámia a két különböző egyedből származó férfi és női ivarsejtek fúziója, míg az autogámia ugyanazon egyén hím és női ivarsejtjeinek fúziója. Egy másik különbség az allogámia és az autogámia között az előállított utódok tekintetében az, hogy az allogámia genetikailag különböző utódokat, míg az autogámia genetikailag azonos utódokat hoz létre.
A hím ivarsejt és a női ivarsejt összeolvadása megtermékenyítés. A megtermékenyítés eredményeként egy zigóta alakul ki, majd egy sejtosztódáson megy keresztül, hogy új utódot hozzon létre. Ezenkívül a megtermékenyítés kétféle lehet; önmegtermékenyítés vagy keresztmegtermékenyítés. Az allogámia a keresztmegtermékenyítés, az Autogámia az önmegtermékenyítés szinonimája.
