A legfontosabb különbség a cisz-ciklohexán és a transz-ciklohexán között az, hogy a cisz-ciklohexán szubsztituensei a gyűrű azonos síkjára mutatnak, míg a transz-ciklohexán szubsztituensei ellentétes síkokra mutatnak.
A ciklohexán egy cikloalkán, amelyben egy hattagú széngyűrű található a szék alakjában. A szék felépítésében ennek a vegyületnek a legkisebb a szöge. így stabilabb, mint a többi lehetséges konformáció. Sőt, ebben a konformációban a szénatomokhoz kapcsolódó hidrogénatomok fele a gyűrű síkjában található. Ezt hívjuk egyenlítői pozicionálásnak. A másik fele merőlegesen helyezkedik el a gyűrű síkjára. Ezt axiális helyzetmeghatározásnak hívjuk. Ha két vagy több szubsztituens van a ciklohexánban, megfigyelhetjük a cisz- és transz-izomerizmust annak megfigyelésével, hogy a szubsztituensek egyenlítői vagy tengelyirányúak-e.
