A fő különbség a kék és a zöld algák között az, hogy a kék zöld algák olyan prokarióta szervezetek, amelyek a Monera Királysághoz, míg a zöld algák a Kingdom Protista-hoz tartoznak.
A fotoszintézis a fotóautotrófok által bemutatott folyamat. Ez a folyamat szintetizálja a szénhidrátokat (ételeket) a napfényből származó energia megkötésével. A folyamathoz fotoszintetikus pigmentek, CO 2 és víz jelenléte szükséges. A fotoautotrófok fotoszintézis végrehajtásához fotoszintetikus pigmentekkel rendelkeznek. A fotoautotrófoknak három fő csoportja van, mint növények, cianobaktériumok (kék zöld algák) és algák (beleértve a zöld algákat is). Ezért mind a kék, mind a zöld algák fotoszintetikus szervezetek. A kék zöld algák azonban prokarióta szervezetek, míg a zöld algák eukarióta szervezetek. Ennek megfelelően különbség van a kék és a zöld algák között, a sejtek szerveződése és egyéb jellemzőik alapján.
