A legfontosabb különbség az idegrendszer és az endokrin rendszer között az, hogy az idegrendszer az idegsejtek mentén elektromos akciós potenciálokat használ a jelek továbbításához a cél testrészekhez, míg az endokrin rendszer a hormonok nevű vegyi anyagokat használja a véráram mentén, hogy jeleket küldjön a célsejtekhez és szervekhez.
Az idegrendszer és az endokrin rendszer a testünk két fő szervrendszere, amelyek felelősek a testen belüli összes tevékenység szabályozásáért. Ezek a rendszerek megkönnyítik a sejtek, szövetek és szervek közötti kommunikációt. Különböző mechanizmusokat is használnak erre a célra. Vagyis az idegrendszer elektromos jeleket vagy idegi impulzusokat használ a jelek továbbításához, míg az endokrin rendszer vegyi anyagokat, például hormonokat használ a jelek eljuttatásához a cél testrészekhez. Ezenkívül az idegrendszer idegsejtek hálózatából áll. Míg az endokrin rendszer mirigyekből áll.