A legfontosabb különbség a többatomos ionok és a vegyületek között az, hogy a többatomos ionoknak pozitív vagy negatív elektromos töltése van, míg a vegyületeknek nincs nettó elektromos töltésük.
A poliatomi ion olyan kifejezés, amelyet két vagy több olyan atomot tartalmazó kémiai fajok megnevezésére használunk, amelyek nettó negatív vagy pozitív elektromos töltéssel rendelkeznek. Ennek az ionnak az elektromos töltése az egyes atomokban jelenlévő elektronok számának eredménye; ha több elektron van, mint az atomokban lévő összes proton, akkor negatív negatív töltést kap, és fordítva. A vegyületek viszont elektromos töltés nélküli vegyi anyagok. Ugyanannyi elektronjuk és protonjuk van.
