Fő különbség - Exome vs RNS szekvenálás
A nukleinsavszekvenálás az a módszer, amely meghatározza a nukleotidok sorrendjét egy szervezet DNS vagy RNS egy adott fragmensében. A szekvenálás fontos a sejt DNS és RNS felépítésének azonosításában, valamint bizonyos funkcionális fehérjéket kódoló gének megkülönböztetésében; így szekvenálás használható e gének mutációinak és génexpresszióinak megértésére. A Sanger szekvenálási módszer vagy a fejlettebb következő generációs szekvenálási módszerek azok a szekvencia módszerek, amelyeket általában használnak. Az exome szekvenálás a teljes exonkészlet vagy a DNS-t kódoló DNS-régiók szekvenálása a szervezetben, míg az RNS-szekvenálás a ribonukleinsavak (RNS) szekvenálási eljárása. Ez a legfontosabb különbség az exom és az RNS szekvenálása között.
TARTALOM
1. Áttekintés és kulcsfontosságú különbség
2. Mi az Exome szekvenálás
3. Mi az RNS szekvenálás
4. Az Exome és az RNS szekvenálás közötti hasonlóság
5. Egymás melletti összehasonlítás - Exome vs RNS szekvencia táblázatos formában
6. Összefoglalás
Mi az Exome szekvenálás?
Az Exome a genom egy részhalmaza, amely egy adott szervezet kódoló génjeiből áll. A kódoló géneket exonként nevezik meg, és átírják mRNS-be, majd aminosav-szekvenciákká alakítják át. A poszttranszkripciós módosítások során az eukarióták RNS-splicing mechanizmusa eltávolítja az intronokat (nem kódoló régiókat), és az exonok megmaradnak. Két fő technika létezik, amelyekben az exom szekvenálás történik: megoldás alapú és tömb alapú.
Az oldat-alapú exomszekvenálás során a DNS-mintákat akár restrikciós enzimek, akár mechanikus módszerrel fragmentálják, és hővel denaturálják. Ebben a technikában biotinilezett oligonukleotid szondákat (csaléteket) használnak a genom célterületeivel való szelektív hibridizációra. A kötési lépéshez mágneses streptavidin gyöngyöket használnak. A megkötést egy mosási lépés követi, ahol a meg nem kötött és nem megcélzott szekvenciákat lemossák. A megkötött célpontokat ezután polimeráz láncreakcióval (PCR) amplifikálják, majd Sanger szekvenálás vagy Next Generation Sequencing technikákkal szekvenálják.
01. ábra: Exome szekvenálás
A tömb alapú módszer szintén hasonló az oldat alapú módszerhez, azzal a különbséggel, hogy a DNS-fragmenseket mikrorendszerbe rögzítjük, majd a kötést és a mosási lépéseket követjük, mielőtt szekvenálnánk.
Az exome szekvenálást számos alkalmazásban használják, például a betegségek genetikai diagnosztizálásában, a génterápiában, az új genetikai markerek azonosításában, a mezőgazdaságban a különféle előnyös agronómiai tulajdonságok azonosítására és a növénynemesítési eljárásokban.
Mi az RNS szekvenálás?
Az RNS szekvenálás a transzkriptómon alapul, amely a sejt teljes átirata. Az RNS szekvenálás fő célkitűzései a transzkriptum összes fajtájának katalógusa, beleértve az mRNS-t, a nem kódoló RNS-t és a kis RNS-t, a gének transzkripciós szerkezetének meghatározása és az egyes transzkriptumok expressziós szintjének meghatározása a fejlesztés során. Az RNS szekvenálás során kezdetben hibridizációs technológiákat (amelyek érett mRNS szekvenciákból származó komplementer DNS-ek voltak) alkalmaztak a szekvenáláshoz. Jelenleg egy pontosabb és fejlettebb áttételi technikát alkalmaznak az RNS szekvenálására.
02. ábra: RNS szekvenálás
Az RNS-szekvenálás során az RNS-mintát, amely lehet teljes RNS vagy frakcionált RNS, reverz transzkripcióval átalakítják komplementer DNS-évé (cDNS), és egy cDNS-könyvtárat készítenek. Mindegyik cDNS-fragmens mindkét oldalon (párvégi szekvenálás) vagy egyik oldalon (egyvégű szekvenálás) található adapterekhez kapcsolódik. Ezeket a jelölt szekvenciákat Sanger-szekvenálás vagy a következő generáció, például az exome-szekvenálás segítségével szekvenáljuk.
Milyen hasonlóságok vannak az Exome és az RNS szekvenálás között?
- Röviden kiválasztott fragmensek vagy a teljes DNS / RNS készlet felhasználható Exome vagy RNS szekvenálásra.
- A szekvenált töredékeket a könyvtárak őrzik.
- Sanger szekvenálás vagy Next Generation szekvenálás használható.
- Mindkettő in vitro szekvenálási módszer.
- A szekvenált fragmenseket fluoreszcens címkékkel lehet meghatározni.
Mi a különbség az exome és az RNS szekvenálása között?
Különböző cikk a táblázat előtt
Exome vs RNS szekvenálás |
|
| Az exome szekvenálás a szervezetben jelen lévő exonok vagy kódoló DNS régiók teljes készletének szekvenálása. | Az RNS szekvenálás a ribonukleinsavak (RNS) szekvenálási eljárására utal; az átirat. |
| Kezdő minta | |
| A genomi DNS az exomszekvenálás kiinduló mintája. | Az RNS az RNS szekvenálás kiinduló mintája. |
| Fogalmazás | |
| Ez csak a teljes DNS kódoló régióit tartalmazza, amelyek Exon néven ismertek | Ez RNS-mRNS / transzkriptómot tartalmaz. |
| Szekvenálás | |
| Az exomszekvenálásnak két fő módszere van; megoldás alapú és tömb alapú technológiák. | Az RNS-szekvenálást egy cDNS-könyvtár előállításával végezzük, a teljes RNS vagy fragmentált RNS kivonásával. |
Összegzés - Exome vs RNS szekvenálás
Az Exome egy szervezet kódoló régióinak teljes halmaza, és az Exome pontos nukleotid-sorrendjének meghatározásában részt vevő technikákat exom-szekvenálásnak nevezzük. Az RNS szekvenálása az a módszer, amely részt vesz egy szervezet RNS nukleotid sorrendjének meghatározásában. Ez a különbség az exom és az RNS szekvenálása között.
Töltse le az Exome vs RNS Sequencing PDF verzióját
A cikk PDF-verzióját letöltheti, és offline célokra is használhatja, az idézési megjegyzés szerint. Kérjük, töltse le a PDF verziót itt
