Különbség A Microarray és Az RNS Szekvenálás Között

2024 Szerző: Mildred Bawerman | [email protected]. Utoljára módosítva: 2023-12-16 08:39

Fő különbség - Microarray vs RNS szekvenálás

A transzkriptóma a sejtben jelen lévő RNS teljes tartalmát képviseli, beleértve az mRNS-t, az rRNS-t, a tRNS-t, a lebontott RNS-t és a nem lebomlott RNS-t. A transzkriptum profilozása fontos folyamat a sejtek megértésének megértése érdekében. Számos fejlett módszer létezik a transzkriptóm profilozásra. A mikroszkóp és az RNS szekvenálás a transzkriptóm elemzésére kifejlesztett kétféle technológia. A legfontosabb különbség a mikroarray és az RNS szekvenálás között az, hogy a microarray az előre tervezett jelölt próbák és a cDNS szekvenciák hibridizációs potenciálján alapul, míg az RNS szekvenálás a cDNS szálak közvetlen szekvenálásán alapul fejlett szekvenálási technikákkal, például NGS-sel. A mikroray-t a szekvenciák előzetes ismereteivel, az RNS-szekvenálást pedig a szekvenciák előzetes ismerete nélkül hajtjuk végre.

TARTALOM

1. Áttekintés és kulcsfontosságú különbségek

2. Mi a Microarray

3. Mi az RNS szekvencia

4. Egymás melletti összehasonlítás - Microarray vs RNS szekvencia

5. Összefoglalás

Mi az a Microarray?

A Microarray egy robusztus, megbízható és nagy áteresztőképességű módszer, amelyet a tudósok transzkriptóm profilozáshoz használnak. Ez a legnépszerűbb megközelítés az átiratok elemzéséhez. Ez egy olcsó módszer, amely a hibridizációs próbáktól függ.

A technika az mRNS kivonásával kezdődik a mintából és a cDNS könyvtár összeállításával a teljes RNS-ből. Ezután egy szilárd felületen (foltmátrix) fluoreszcensen jelölt előre tervezett próbákkal keverjük össze. A kiegészítő szekvenciák hibridizálódnak a mikroarray jelölt próbáival. Ezután a microarray-t mossuk és szűrjük, és a képet számszerűsítjük. Az összegyűjtött adatokat elemezni kell a relatív kifejezésprofilok megszerzéséhez.

A mikroarray szondák intenzitását feltételezzük, hogy arányos a mintában lévő átiratok mennyiségével. A technika pontossága azonban a tervezett próbáktól, a szekvencia előzetes ismeretétől és a próbák hibridizációs affinitásától függ. Ezért a mikroarray technológiának vannak korlátai. Microarray technika nem hajtható végre alacsony bőségű átírásokkal. Nem sikerül megkülönböztetni az izoformákat és azonosítani a genetikai variánsokat. Mivel ez a módszer a próbák hibridizációjától függ, a hibridizációval kapcsolatos néhány probléma, például kereszt-hibridizáció, nem-specifikus hibridizáció stb., Felmerül a mikroarray technikában.

01. ábra: Microarray

Mi az RNS szekvenálás?

Az RNS puskás szekvenálás (RNS szekvencia) egy nemrégiben kifejlesztett teljes transzkriptóm szekvenálási technika. Ez egy gyors és nagy áteresztőképességű módszer a transzkriptóm profilozásra. Közvetlenül számszerűsíti a gének expresszióját, és a transzkriptóm mély vizsgálatát eredményezi. Az RNS szekvencia nem függ az előre tervezett próbáktól vagy a szekvenciák előzetes ismeretétől. Ezért az RNS seq módszer nagy érzékenységgel rendelkezik és képes új gének és genetikai variánsok kimutatására.

Az RNS szekvenálási eljárást több lépésben hajtják végre. A sejt teljes RNS-ét el kell különíteni és fragmentálni kell. Ezután reverz transzkriptáz alkalmazásával cDNS könyvtárat kell készíteni. Minden cDNS-szálat adapterekkel kell ligálni. Ezután a ligált fragmenseket fel kell erősíteni és meg kell tisztítani. Végül NGS módszerrel el kell végezni a cDNS szekvenálását.

02. ábra: RNS szekvenálás

Mi a különbség a Microarray és az RNS szekvenálás között?

Különböző cikk a táblázat előtt

Microarray vs RNS szekvenálás
A Microarray egy robusztus, megbízható, nagy teljesítményű módszer.	Az RNS szekvenálás pontos és nagy áteresztőképességű módszer.
Költség
Ez olcsó módszer.	Ez drága módszer.
Nagyszámú minta elemzése
Ez megkönnyíti a nagyszámú minta egyidejű elemzését.	Ez megkönnyíti a nagyszámú minta elemzését.
Adatelemzés
Az adatelemzés összetett.	Ezzel a módszerrel több adat keletkezik; ennélfogva a folyamat összetettebb.
A szekvenciák előzetes ismerete
Ez a módszer hibridizációs próbákon alapul, ezért szükséges a szekvenciák előzetes ismerete.	Ez a módszer nem függ a korábbi szekvencia ismeretektől.
Szerkezeti variációk és újszerű gének
Ez a módszer nem képes kimutatni a szerkezeti variációkat és az új géneket.	Ez a módszer olyan strukturális variációkat képes kimutatni, mint a génfúzió, az alternatív splicing és az új gének.
Érzékenység
Ez nem képes kimutatni az izoformák expressziójának különbségeit, ezért ennek érzékenysége korlátozott.	Ennek nagy az érzékenysége.
Eredmény
Ez csak relatív expressziós szinteket eredményezhet. Ez nem adja meg a génexpresszió abszolút számszerűsítését.	Abszolút és relatív kifejezési szinteket ad meg.
Adatok újbóli elemzése
Ezt újra kell futtatni az újraelemzéshez.	A szekvenálási adatok újraelemezhetők.
Konkrét személyzet és infrastruktúra iránti igény
A mikrorajzoláshoz nincs szükség speciális infrastruktúrára és személyzetre.	Az RNS szekvenálásához szükséges sajátos infrastruktúra és személyzet.
Technikai problémák
A microarray technikának olyan technikai kérdései vannak, mint a kereszt-hibridizáció, a nem specifikus hibridizáció, az egyes próbák korlátozott detektálási aránya stb.	Az RNS seq technika elkerüli azokat a technikai kérdéseket, mint a kereszt-hibridizáció, a nem specifikus hibridizáció, az egyes próbák korlátozott detektálási aránya stb.
Elfogultságok
Ez elfogult módszer, mivel a hibridizációtól függ.	Az elfogultság alacsony a mikroarray-hez képest.

Összegzés - Microarray vs RNS szekvenálás

A microarray és az RNS szekvenálási módszerek nagy áteresztőképességű platformok, amelyeket transzkriptóm profilozásra fejlesztettek ki. Mindkét módszer olyan eredményeket hoz, amelyek szoros összefüggésben vannak a génexpressziós profilokkal. Az RNS-szekvenálásnak azonban előnyei vannak a génexpresszió-elemzés mikroarrayjével szemben. Az RNS szekvenálás érzékenyebb módszer az alacsony bőségű transzkriptumok kimutatására, mint a mikroarray. Az RNS szekvenálás lehetővé teszi az izoformák megkülönböztetését és a génvariánsok azonosítását is. Ugyanakkor a legtöbb kutató a mikroray-t választja, mivel az RNS-szekvenálás új és drága technika, amely tárolja a kihívásokat és az összetett adatelemzést.